Huy Gia Hoàng hậu Nguyễn thị (徽嘉皇后阮氏 1441–1505), hay Trường Lạc Hoàng hậu, húy là Hằng (晅), nguyên sơ phong là Quý phi, mẹ ruột của Lê Hiến Tông. Bà chưởng quản hậu cung, đứng đầu chúng phi tần của Thánh Tông.
Nhu Huy Hoàng hậu Phùng thị (柔徽皇后馮氏 1444–1489), húy là Diệm Quý (琰貴), trước có tên là Thục Giang (淑江), nguyên là Chiêu nghi của Thánh Tông, sinh ra Kiến vương Lê Tân. Con cháu là Lê Tương Dực truy tôn làm Hoàng hậu.
Kính phi Nguyễn thị (敬妃阮氏 1444–1485), người thuộc huyện Lôi Dương, Thanh Hóa. Cha bà là Đô đốc thiêm sự Đề đốc vệ Thần Vũ Nguyễn Đức Nghị (阮德毅). Bà mồ côi cha từ nhỏ, được Thái bảo Giản Cung hầu Lê Hưu (黎休) nhận làm con. Bà sinh ra Thụy Hoa Công chúa Lê Minh Kính và 1 công chúa chết yểu, về sau được nhận Quảng vương Lê Táo làm con thờ tự.
Quý phi Nguyễn thị (貴妃阮氏), người xã Hòa Thược, huyện Kim Trà. Xuất thân bình dân, khi Thánh Tông Hoàng đế đi đánh Chiêm Thành đã ghé qua vùng này, thấy bà có nhan sắc mà nạp về cung. Bà sinh ra Triệu vương Lê Thoan.
Tu dung Nguyễn thị (修容阮氏), người xã Bối Khê, huyện Thanh Oai, con gái quan Trung thư lệnh Nguyễn Trực. Năm 1472, tuyển vào cung, được đổi tên là Cẩn Kính. Tháng 8 năm 1491 thăng làm Dung hoa. Năm 1492 thăng làm Tiệp dư. Năm 1495 ban cho làm Tu dung. Bà không có con trai, vua cho lấy công chúa thứ 16 (không rõ tên) làm con nối.
Tài nhân Nguyễn thị (才人阮氏 1444–1479), người làng Thiên Mỗ, huyện Từ Liêm. Cha là Thái trung đại phu Thượng thư tự khanh Hộ bộ tả Thị lang Nguyễn Đình Hy (阮廷禧), mẹ là Chu phu nhân. Bà sinh ra Phúc vương Lê Tranh.
Tu nghi Phạm thị, mẹ sinh của Gia Thục Công chúa Lê Thanh Toại, mất ngay sau khi hạ sinh con gái.
Tuyên vinh Hà thị, húy là Dĩ, mẹ sinh của Đường vương Lê Cảo.
Tống vương Lê Tung (宋王黎鏦), sinh năm 1466, mẹ là Phạm Minh phi.[197]
Đường vương Lê Cảo (唐王黎鎬 1466–1493), mẹ là Hà Tuyên vinh.
Lê Tân (黎鑌), được truy tôn là Lê Đức Tông (黎德宗), mẹ là Nhu Huy Hoàng hậu. Lê Tân là cha của vua Lê Tương Dực (黎襄翼) và là ông nội của vua Lê Chiêu Tông (黎昭宗).
Phúc vương Lê Tranh (福王黎錚), mẹ là Nguyễn Tài nhân.
Triệu vương Lê Thoan (肇王黎鋑), mẹ là Nguyễn Quý phi.
Kinh vương Lê Kiện (荆王黎鍵), mẹ là ái thiếp của Thánh Tông nên ông cũng được vua cha yêu quý, sau này loạn Uy Mục Đế, không rõ tung tích.[199]
Công chúa
Thánh Tông còn có 20 công chúa. Một số hoàng nữ chưa kịp thụ phong thì vua cha đã qua đời quá sớm.[200]
Gia Thục Công chúa Lê Thanh Toại (嘉淑公主黎清鐩 1461–1474), trưởng nữ của Thánh Tông, mẹ là Phạm Tu nghi. Công chúa vừa lọt lòng thì mẹ mất, được bà nội là Quang Thục Thái hậu nuôi dưỡng. Năm Hồng Đức thứ 5 (1474) hạ giá lấy con trai của Thái bảo Kiến Dương hầu Lê Cảnh Huy, tên là Tòng, sinh được 1 trai 1 gái nhưng đều mất sớm. Công chúa là người phụ nữ nết na hiền hậu, tuy là con hoàng đế nhưng vẫn giữ đạo làm vợ, lại hay giúp người khó, không ai chê vào đâu được. Công chúa mất khi còn khá trẻ, phụ nữ trong cung ai cũng than khóc tiếc thương, có kẻ khóc tru kêu trời.[201]
